Trải qua hàng loạt sự biến trên, cuối cùng thì địa vị chí tôn của Thiên hoàng Minh Trị đã được xác lập. Hoàng gia vốn suy yếu suốt nhiều thế kỷ nay đã phục hồi lại. Nhưng lúc ban đầu, ông không trực tiếp điều hành triều chính. Căn cứ theo Chính Thể thư ban hành năm 1868, quyền lực nằm trong tay một cơ quan tên là "Thái Chính Quan" (bao gồm Nghị Chính quan, Hành chính quan, Quân Vụ quan, Hình Pháp quan, Hội Kế quan). Cơ cấu này được duy trì cho đến khi chức vụ "Nội các Tổng lý Đại thần" được thiết lập vào năm 1885.[52] Trong một "Thánh chỉ" của Thiên hoàng Minh Trị có đoạn:[53]

Các phiên bang phía Nam như Satsuma, Chōshū[54] và Tosa, vốn giữ vai trò quyết định trong chiến thắng, chiếm giữ hầu hết các vị trí trọng yếu trong chính phủ vào nhiều thập kỷ sau chiến tranh Boshin, một tình thế đôi khi được gọi là "Nền chính trị đầu sỏ thời Minh Trị" (Phiên phiệt) và được chính thức hóa bằng việc thành lập Viện nguyên lão (genrō).[55] Trong khoảng thời gian này, các triều thần thuộc phái chống Mạc phủ trước đây là những người nắm thực quyền. Họ dùng danh nghĩa của Thiên hoàng để thực thi các cải cách theo đường lối tư bản chủ nghĩa như: phế Phiên lập Huyện, cải cách thuế đất, trả lại bản tịch, xóa bỏ hạn chế đối với nông, công, thương nghiệp,…[56] Ba năm sau khi cuộc Duy Tân được khởi xướng, năm 1870 người ta đã hoàn tất việc xây dựng đường ray xe lửa đầu tiên trong lịch sử Nhật Bản, đường ray có độ dài là 28 cây số, nối liền Tōkyō và Yokohama.[41] Khi Thiên hoàng Minh Trị mới lên ngôi, người ta không chắc chắn chế độ quân chủ Nhật sẽ được duy trì; một lãnh đạo trong phong trào Tự do Dân quyền là Gotō Shōjirō (Hậu Đằng Tượng Nhị Lang, 1838 - 1897) về sau nói một số quan đại thần trong chính phủ đã "lo sợ rằng hoạt động của những người quá khích sẽ ngày càng mạnh và chế độ quân chủ bị bãi bỏ".[57]

Những nhà lãnh đạo mới của Nhật Bản đã cố gắng cải tổ hệ thống các phiên do lãnh chúa đại danh đứng đầu. Năm 1869, một số đại danh - vốn là những người ủng hộ cuộc Duy tân - đã giao đất đai của họ cho Thiên hoàng. Họ được tái bổ nhiệm làm thống đốc, với mức lương không nhỏ. Vào năm sau, tất cả những đại danh khác cũng tiếp bước họ. Năm 1871, Thiên hoàng tuyên bố rằng các phiên hoàn toàn bị xóa bỏ, và Nhật Bản được chia làm 72 đô đạo phủ huyện. Bù lại, những lãnh chúa đại danh nhận được với mức lương hàng năm bằng mười phần trăm thu nhập trước đây của họ, nhưng bị buộc phải chuyển đến kinh đô Tōkyō. Phần lớn đại danh rút khỏi chính trường.[58]

Về đối ngoại, triều đình Thiên hoàng không theo đuổi mục tiêu trục xuất các lợi ích của ngoại quốc khỏi Nhật Bản, mà thay vào đó là mạnh mẽ chuyển mục tiêu chính trị sang việc tiếp tục hiện đại hóa quốc gia và tái đàm phán các hiệp ước bất bình đẳng với các nước đế quốc phương Tây, sau này trở thành khẩu hiệu "Phú quốc, Cường binh" (富国強兵, fukoku kyōhei?). Sự thay đổi thái độ với người ngoại quốc này diễn ra trong những ngày đầu của cuộc chiến tranh Boshin: vào ngày 8 tháng 4 năm 1868, một tấm biển được dựng lên ở kinh đô Kyōto (và sau này trên toàn quốc) đặc biệt phản đối bạo lực đối với người nước ngoài.[59] Trong thời gian chiến tranh, đích thân Thiên hoàng Minh Trị tiếp kiến các Công sứ châu Âu, đầu tiên là ở cố đô Kyōto, sau đó là Osaka và kinh đô Tōkyō.[60] Ngày 4 tháng 9 năm 1869, Công tước xứ Edinburgh (tên thật là Alfred Ernest Herbert) viếng thăm Nhật Bản, được Thiên hoàng Minh Trị tiếp đón. Một việc chưa từng có tiền lệ là Thiên hoàng tiếp đón Công tước xứ Edinburgh, tại Tōkyō, "như một người "ngang hàng" với ông về khía cạnh dòng máu".[61] Triều đình Thiên hoàng đã thực hiện khẩu hiệu "phú quốc, cường binh, thực sản hưng nghiệp", bằng việc học hỏi khoa học - kỹ thuật phương Tây, khai thác khoáng sản, lập xưởng chế tạo vũ khí, xây dựng đường sắt, đường thủ, … một cách tích cực.[62] Ngoài ra, cựu Tổng tài nước Cộng hòa Ezo là Enomoto Takaeki được bổ nhiệm Công sứ Nga và Trung Quốc, và Bộ trưởng Giáo dục của Thiên hoàng Minh Trị.[63] Mặc dù những năm đầu triều vua Minh Trị chứng kiến sự nồng ấm trong quan hệ giữa triều đình Nhật với các nước đế quốc phương Tây, quan hệ với Pháp vẫn lạnh nhạt vì sự ủng hộ ban đầu của Pháp với chế độ Mạc phủ. Năm 1871, theo lệnh của Thiên hoàng Minh Trị, quan đại thần Iwakura Tomomi làm chính sứ, cùng một phái bộ sứ thần đi sang các quốc gia châu Âu và châu Mỹ, nhằm thu thập thông tin về chế độ chính trị, kinh tế.[62]

Đồng thời các quan viên cũng thực hiện nhiều thay đổi nơi hậu cung và thay đổi cả con người của Thiên hoàng Minh Trị. Đầu tiên, họ cử Motoda Eifu (Nguyên Điền Vĩnh Phù), một người tinh thông Tống Nho làm Thị giảng (thầy dạy học của nhà vua) mới cho Thiên hoàng. Eifu đã dạy Thiên hoàng về Quốc học, Nho học, Thi ca và cũng nhồi nhét tư tưởng lấy đại nghĩa danh phận làm trung tâm. Sau đó Yoshī Tomo (Cát Tỉnh Hữu Thực), bạn thân của quan đại thần Ōkubo Toshimichi, được bổ nhiệm làm Cung nội Đại thừa, cai quản nội cung. Yoshī Tomo đã tái bổ nhiệm một loạt các Thị tùng trưởng và thị tùng mới cho Thiên hoàng. Tomo cũng giải tán toàn bộ số Nữ quan - tức các thị nữ trong cung - và tiến hành tuyển lựa một số Nữ quan mới với số lượng chỉ bằng 1/3 trước kia và với thực quyền bị hạn chế gắt gao để ngăn không cho họ lạm quyền như trước. Đồng thời, Tomo mời một số cựu võ sĩ của Mạc phủ Tokugawa như Sơn Cương Thiết Thái Lang, Tân Điền Thôn Bát,… vào cung dạy võ thuật, kiếm thuật, cưỡi ngựa,… cho vị Thiên hoàng vốn yếu rất yếu mềm, qua đó cũng gieo tinh thần tôn sùng võ công, ham thích chiến đấu vào ông. Tomo cũng mời một số nhân sĩ có tư tưởng đổi mới để giảng dạy cho Thiên hoàng về phương pháp trị nước và xử thế của giai cấp tư sản cùng nhiều tri thức mới khác. Như Nishimura Shigeki (Tây Thôn Mậu Thọ) dạy cho ông về chính trị và luật pháp của nước Pháp; Hukuhane Mishizu (Phúc Vũ Mỹ Tịnh) dạy ông về sự lập chí của các nước phương Tây; còn Katō Hiroyuki (Gia Đằng Hoàng Chi) - về sau trở thành một cận thần của Thiên hoàng - dạy ông về luật pháp của đế chế Đức. Thiên hoàng cũng học tiếng Đức trong thời gian này.

Sự cải cách trong nội cung đã thay đổi con người Thiên hoàng Minh Trị rất nhiều. Từ một cậu thiếu niên yếu đuối, nhu nhược, suốt ngày chui rúc trong hậu cung để chơi đùa với các cung nữ, ông đã trở thành một con người mạnh khỏe, cường tráng, ham học hỏi, yêu thích võ nghệ, và đặc biệt trở nên rất ghét việc vào hậu cung. Ông đặc biệt rất hâm mộ hoàng đế Napoléon Bonaparte của Pháp, ông từng hỏi Shigeki rất kỹ lưỡng về thân thế, tính tình, sự nghiệp xưng bá của Napoléon và không ngớt lời khen ngợi việc Napoléon đã từng lập nên một đế chế hùng mạnh trong lịch sử Pháp. Thậm chí vào năm 1871, ông đã dặn dò phái đoàn khảo sát châu Âu của Iwakura Tomomi là phải sưu tập thật nhiều sách vở nói về Napoléon Bonaparte. Nhân vật Napoléon Bonaparte đã để lại nhiều ảnh hưởng cho Thiên hoàng Minh Trị trong công việc trị quốc sau này.

Ngày 5 tháng 11 năm 1872, Đại công tước Aleksei Aleksandrovich của Nga viếng thăm Nhật Bản, được Thiên hoàng Minh Trị đón tiếp. Đại công tước Aleksei Aleksandrovich là người con thứ sáu của Nga hoàng Aleksandr II (1855 - 1881). Ngày 9 tháng 11 năm 1872, Thiên hoàng và Đại công tước Aleksei xem cuộc diễn tập của lực lượng vũ trang Nhật Bản, và sau khi về cung, Đại công tước Nga đã gặp gỡ và làm quen với Hoàng hậu Chiêu Hiến. Vài ngày sau, nhận lời mời của Đại công tước Aleksei, Thiên hoàng đến Yokohama (Hoành Tân) để xem đội tàu Nga. Nhờ sự can thiệp của Đại công tước Nga, 34 tín đồ Ki-tô giáo người Nhật được Thiên hoàng Minh Trị ân xá và phóng thích.[64][65]

Những sự chuyển biến về tính cách của Thiên hoàng Minh Trị trong những năm đầu làm vua đã đặt một nền tảng vững chắc cho quá trình đích thân chấp chính của ông sau này.